Kemissä on kaksi kohdetta, jotka on suojeltu erikseen luonnonsuojelulailla.

Jokipajuesiintymä Karihaarassa

Jokipaju on uhanalaisuudeltaan silmälläpidettävä. Luonnonvaraista jokipajua tapaa parhaiten Tornion- ja Kemijoen varrelta alkujuoksuista.

Pallograniittikallio Takajärvellä

Pallokivi on syväkiveä, jolla on omalaatuinen pallokivirakenne. Pallograniittia löytyy myös Murhaniemen luonnonsuojelualueelta. Harvinaisuuden vuoksi esiintymät ovat suojeltuja.